На территории города Бийск находится ряд водоёмов естественного и искусственного происхождения.

Реки

• Бия — река, давшая название городу. Основная часть городской застройки находится в пойме этой реки. Река разделяет город на правобережную и левобережную части. Через реку имеется три моста: два капитальных и понтонный.
• Катунь — расположена в непосредственной близости от города.
• Обь — слияние рек Бия и Катунь происходит напротив поселка Сорокино (входит в городскую черту). На берегу Оби расположены села Фоминское и Одинцовский посад, входящие в состав города.
• Чемровка — близ села Фоминское. По руслу реки в пределах от устья до села Жаворонки проходит граница раздела между территорией города и Зонального района
• Чугунайка — малая река, бассейн которой целиком находится в пределах территории города. Река берёт свое начало на болоте Волчьем в промышленной зоне и впадает в Обь между селами Одинцовский пасад и Фоминское, входящими в состав города.
• Ковалевка — осушенная в 60-х годах XX века река, протекающая в западной части города.

Озёра

Каскад озёр (с востока на запад): Ковалевское, Мочищенское, Тёплое, Кругленькое — естественные озера со снеговым и родниковым питанием, расположенные вдоль высокого коренного берега поймы реки Бия. В 70-х годах озеро Мочищенское полностью осушено. Уровень озера Теплое существенно снизился и оно заболотилось. Озеро Ковалевское в настоящее время — памятник природы. Озеро Кругленькое расположено в промышленной зоне. После осушения реки Ковалевка, соединяющей озера, озеро Кругленькое начало заболачиваться и пересыхать. Однако, в 70-х годах оно начало возрождаться благодаря добыче песка в его акватории. После строительства в 90-х годах насыпи железной дороги, ведущей к Бийскому олеумному заводу был частично нарушен сток озера. В результате уровень воды в нём вновь повысился.

Архиерейские пруды — естественные водоемы, существовавшие в Бийске до начала XX века. Располагались на территории архиерейского подворья (в настоящее время — территория 23-го микрорайона). В 20-х — 30-х годах они были осушены.

Болота

Болото Волчье — находится в промышленной зоне. В 70-х годах предпринимались попытки его осушения для строительства новых корпусов Бийского химического комбината.

Искусственные водоемы

• Водохранилище ТЭЦ-1 — искусственный водоем для технологического оборота воды ТЭЦ-1, а также для захоронения твердых выбросов (золы, шлака).
• Песчаные карьеры — расположены на левом берегу Бии.
• Песчаные карьеры — расположены в промышленной зоне, имеют связь с озером Кругленькое.
• Водопропускной канал — предназначен для пропуска талых и дождевых вод из нагорной части города и с прилегающих полей в русло реки Бия. Канал проходит по вдоль улиц Угольная, Трофимова, Верхнецесовская, Стахановская.